目前法院等司法機關選定鑒定機構主要采用如下三種方式進行：

一、由司法機關指派，常見于法院指派：條件是原、被雙方都同意由法庭指派，如果成立，法庭可以選擇任何一個有資格的鑒定機構。這種方式的優點是法庭可以選擇水平高、信任度強的鑒定機構，使法官在審判中更易把握。

二、采用隨機搖號選擇：條件是雙方沒有要求相同的鑒定機構，則由法院搖號。這樣做的優點在于選擇面寬，隨機性更大一些。而缺點在于參與搖號的鑒定機構雖然同屬一個執業資格類別的鑒定范圍內，但是各個鑒定機構分別都有自己擅長的方面，如果將某一專業領域的案子通過搖號的方式選定并非這一領域專長的鑒定機構進行鑒定，終損害的可能還是雙方當事人自己的利益。

三、當事方共同選擇：條件是雙方都要求去一家選擇的鑒定機構去鑒定，如果成立，法庭必須指派這個機構，不能自由選擇。優點是非常公平，雙方都能夠接受。但由于在訴訟活動中，爭議事宜的當事方一般矛盾尖銳而對立，因此讓他們達成一致共同的難度相對比較大，在中科檢測產品質量鑒定中心的過往鑒定實踐中，采用這種雙方共同確認鑒定機構的案例只有*的幾例。

無論是采用那種方式確定相關案件的鑒定機構，鑒定機構都必須向委托方（司法機構、當事人）提供客觀、公正、科學的鑒定意見。如果當事人對鑒定結論有異議或者人民法院認為鑒定人有必要出庭的，鑒定機構也有義務安排鑒定人出庭質證或者對相關問題進行書面答疑。